J'ai eu un problème similaire: message "too many open files" arrivant parfois lors d'un backup de la base HyperFile C/S.
Voici ce qui a fonctionné sur mon serveur (un Ubuntu 24.04)
1) trouver le nom du service HFCS
sudo systemctl list-units | grep HF
2) éditer la configuration du service
sudo systemctl edit HFCS-xxxxx
(modifier le nom du service découvert au point 1...)
3) ajouter les lignes suivantes:
[Service]
LimitNOFILE=1048576
Après avoir fait cela, je n'ai plus jamais revu le message "too many open files"...
Bonne chance!